Le differenze introdotte a partire da Joomla! 1.6 sono enormi e c'è una lunga lista di funzionalità e miglioramenti.

Ecco una lista dei cambiamenti più importanti apportati:

• Gestione articoli: non ci sono più le sezioni. Le categorie possono essere nidificate in profondità.
• La gestione degli accessi è stata completamente riscritta.
  I gruppi utenti usati in Joomla! 1.5 sono gli stessi in Joomla! 2.5, ma possono essere rinominati ed aumentati. Si possono definire illimitati livelli di accesso.
• Aggiornamenti in un click: una funzione semplice. Il sistema rileva gli aggiornamenti disponibili e l’utente li avvia cliccando sul pulsante corrispondente.
• Templates:ci sono stati molti cambiamenti nei templates. Ora ci sono due templates amministratore e tre templates per il sito.
• Templates styles:mentre prima dare uno stile diverso ad una o più pagine del sito significava creare un template completamente diverso da assegnare a quella/quelle pagine, ora si possono creare facilmente variazioni al template da assegnare poi alle specifiche pagine del sito web direttamente dalla Gestione templates.
• Templates layout: in Joomla! 1.5 si poteva modificare l’aspetto del template modificandone i files, ma queste modifiche venivano applicate all’intero sito e non solo ad alcune pagine. Ora è possibile modificare l’aspetto di una specifica voce di menu, di un componente, di un modulo o di una categoria direttamente dalla Gestione templates.
• Interfaccia utente implementata:
  Nella pagina Gestione Articoli->Nuovo/Modifica Articolo troverete
  Salva: salva il contenuto e rimani nella pagina (tipo precedente Applica)
  Salva e Chiudi: salvi il contenuto e chiudi la pagina
  Salva e Nuovo: salvi il contenuto e ne apri un altro vuoto
  Salva come copia: il contenuto viene salvato come copia e rimani nella pagina
• Requisiti minimi:
  I requisiti minimi per quanto riguarda l'ambiente server ed i browser web dei visitatori sono aumentati.
  Browser: Internet Explorer versione 7 o superiore, Firefox versione 3 o superiore, Safari versione 4 o superiore.
  Server: PHP: min. PHP 5.2.4 - MySQL: min. 5.0.4
• Legacy Mode:
  Il legacy mode non è più necessario, permetteva l’esecuzione di componenti sviluppati per Joomla! 1.0 e “solo” riadattati in Joomla! 1.5.
  La procedura di adattare vecchi componenti è stata compensata dallo sviluppo di componenti 'nativi' per Joomla! 1.5 e 2.5.
• Legacy Mode:
  Il legacy mode non è più necessario, permetteva l’esecuzione di componenti sviluppati per Joomla! 1.0 e “solo” riadattati in Joomla! 1.5.
  La procedura di adattare vecchi componenti è stata compensata dallo sviluppo di componenti 'nativi' per Joomla! 1.5 e 2.5.
• Ottimizzazione per i motori di ricerca:
  - Si possono usare caratteri unicode nelle URLs, il che significa che si possono inserire caratteri tipo 'ö' e 'ä' nelle URLs.
  - Si possono associare meta-keywords e meta-descriptions agli articoli, alle categorie ed alle voci di menu.
  - Si può facilmente aggiungere il nome del sito al titolo della pagina e sarà visualizzato nel broswer.
• I moduli possono essere pubblicati per un tempo prestabilito. Potete decidere una data di inzio pubblicazione ed una di fine. Le opzioni di assegnazione alle voci di menu sono state ampliate.
• Multilingua:
  Joomla! offre ora la possibilità di creare articoli, categorie, moduli in diverse lingue. Con il nuovo modulo Lingua è possible selezionare la lingua in cui visualizzare il sito.
• Nuovo editor: Code Mirror è il nuovo editor fornito in aggiunta a TinyMCE. Finalmente in Joomla! c’è un un editor del codice colore da usare nella gestione del template per modificare facilmente i file HTML e CSS. Non è un editor WYSIWYG.
• Gestione Media :
  Il caricatore flash per i media è tornato! Abilitandolo in Gestione Media puoi caricare più di un’immagine contemporaneamente.
• Componenti:
  - Il nuovo componente redirect abilita il rendirizzamento delle URLs per evitare l’errore ‘404 not found’
  - Il nuovo componente cerca fornisce una panoramica delle parole chiave ricercate e visualizza i risultati.
  - Il componente sondaggi è stato eliminato.
• Nuovo ciclo di release: una nuova release di Joomla! sarà disponibile ogni 18 mesi
• Introduzione della piattaforma Joomla!
  Joomla! è ora composta da due parti: la piattaforma Joomla! ed il CMS Joomla!